Les antibiotiques ont profondément changé la médecine. Leur efficacité n’est pourtant pas acquise pour toujours. Lorsqu’une bactérie devient résistante, certains traitements cessent de fonctionner et les médecins doivent parfois recourir à des antibiotiques de dernier recours. Dans un bulletin publié en décembre 2025, Santé publique France estimait que les bactéries résistantes étaient responsables de près de 150 000 infections hospitalières par an en France. À l’échelle européenne, elles sont associées à plus de 35 000 décès annuels, selon les estimations reprises par l’agence sanitaire française. (Santé publique France) La menace pousse donc les chercheurs à chercher de nouveaux antibiotiques. Mais aussi à revenir vers une solution beaucoup plus ancienne. Un virus qui attaque… une bactérie Les bactériophages, ou simplement phages, sont des virus qui infectent spécifiquement les bactéries. Le principe de la phagothérapie paraît presque contre-intuitif : utiliser un virus comme médicament pour éliminer la bactérie responsable d’une infection.
Contrairement à un antibiotique à large spectre, un phage peut cibler très précisément certaines souches bactériennes. Cette précision constitue à la fois son intérêt et sa difficulté : encore faut-il trouver le bon phage pour la bonne bactérie.
En septembre 2026, la revue Nature Medicine a publié le premier grand guide international de consensus consacré à la phagothérapie personnalisée. Élaboré avec vingt sociétés médicales et dix-huit experts internationaux, il rassemble plus de 60 recommandations portant sur la sélection des phages, leur préparation, leur administration, leur contrôle qualité et le suivi des patients. (Nature Medicine)
Ce texte marque une étape importante : on ne parle plus seulement d’expériences isolées, mais de la manière dont cette approche pourrait être organisée de façon beaucoup plus standardisée.
La France investit à son tour
En juin 2026, l’Inserm a lancé un programme national consacré à la phagothérapie, doté de 1,8 million d’euros sur trois ans. Son objectif est notamment d’améliorer la production des phages, de mieux prédire leur efficacité, de développer de nouveaux phages et de lever les obstacles réglementaires qui limitent encore leur utilisation clinique. (Inserm) La France possède déjà plusieurs équipes particulièrement actives sur le sujet. À l’Institut Pasteur, des chercheurs travaillent notamment sur l’une des principales difficultés de cette médecine : identifier rapidement quel virus sera capable d’attaquer la bactérie d’un patient.
Et c’est ici que l’intelligence artificielle entre dans l’histoire. L’IA pour trouver le bon virus. Des chercheurs de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, de l’AP-HP et d’Université Paris Cité ont étudié environ 350 000 interactions entre différentes souches d’Escherichia coli et des bactériophages. À partir de ces données, ils ont développé un modèle d’intelligence artificielle capable de prédire quels phages pourraient être efficaces à partir du génome de la bactérie. Testé sur de nouvelles souches responsables notamment de pneumonies, un cocktail personnalisé de trois phages sélectionnés grâce au modèle a réussi à détruire la bactérie dans 90 % des cas étudiés en laboratoire. (Institut Pasteur)
Une autre étude publiée dans Nature Microbiology en 2026 va dans la même direction : après avoir travaillé sur plus de 115 000 interactions entre bactéries et phages, les chercheurs ont montré qu’un modèle informatique pouvait aider à prédire leur compatibilité et concevoir des cocktails couvrant davantage de souches bactériennes. (Nature Microbiology)
L’idée devient donc particulièrement intéressante : une infection pourrait un jour être analysée, la bactérie identifiée, puis un ou plusieurs phages sélectionnés spécifiquement pour elle. Une sorte de médecine anti-infectieuse sur mesure. Pas encore le remplaçant des antibiotiques La prudence reste toutefois indispensable. La recommandation publiée dans Nature Medicine souligne elle-même que les preuves cliniques restent limitées. Peu de grands essais randomisés ont encore évalué l’efficacité des phages dans des conditions permettant de les comparer solidement aux traitements actuels.
Les experts recommandent aujourd’hui de considérer principalement la phagothérapie au cas par cas, notamment lorsque les traitements standards ont échoué ou ne peuvent pas être utilisés. (Nature Medicine)
Les bactéries peuvent également devenir résistantes aux phages. Leur fabrication, leur purification et leur adaptation rapide à chaque patient posent encore d’importants défis industriels et réglementaires. Le scénario réaliste n’est donc probablement pas celui d’un monde où les antibiotiques disparaîtraient au profit des virus. Il pourrait être celui d’un arsenal plus large : antibiotiques, phages et parfois combinaison des deux, choisis en fonction de l’infection.
Une vieille idée devenue beaucoup plus moderne
La phagothérapie n’est pas nouvelle. Ce qui change, ce sont les outils disponibles pour la rendre beaucoup plus précise. Séquençage génétique, banques de phages, intelligence artificielle, production standardisée : des technologies inexistantes lors des premiers essais permettent aujourd’hui d’aborder différemment une idée vieille de plus d’un siècle.
Face à l’antibiorésistance, la médecine devra probablement apprendre à conserver l’efficacité des antibiotiques existants tout en développant de nouvelles armes. Et parmi elles pourrait se trouver un allié assez inattendu :
un virus dont la cible n’est pas l’être humain, mais la bactérie qui le rend malade.
